Pusat Penyelidikan Pentaksiran Impak pada asalnya adalah Bahagian Ekologi Akuatik, iaitu salah satu daripada 3 bahagian utama di IPP sejak awal penubuhannnya selain daripada Bahagian Akuakultur dan Perikanan Tangkapan. Selari dengan penumpuan fokus penyelidikan yang kadang-kadang berubah mengikut arahan dan keperluan semasa, nama bahagian ini telah diubah beberapa kali selepas itu. Pada tahun 2023, nama Pusat Penyelidikan Pentaksiran Impak telah digunapakai secara rasmi sesuai dengan objektif utama pusat buat masa ini, iaitu untuk melaksanakan R&D berkaitan pentaksiran impak pencemaran antropogenik ataupun alami ke atas sektor perikanan. Pusat ini terletak di IPP Batu Maung, Pulau Pinang. Pada tahun 2023, pusat ini dianggotai oleh Sembilan (9) orang pegawai penyelidik dan 19 orang kakitangan pelaksana.

Dana penyelidikan sebahagian besarnya adalah daripada peruntukan pembangunan di bawah Rancangan Malaysia, di samping sedikit dana daripada kerajaan negeri dan pihak swasta. Pusat ini turut menjalinkan kerjasama dengan pelbagai pihak daripada dalam dan luar negara seperti JIRCAS, BOBLME, UIAM, UMT, UKM, NAHRIM dan USM.