Sejarah Institut Penyelidikan Perikanan (IPP) bermula pada tahun 1949 dengan penubuhan Cawangan Penyelidikan Ikan Air Tawar di Gelugor, Pulau Pinang di bawah Jabatan Perikanan Malayan Union dan Singapura. Cawangan ini telah dinaik taraf kepada Institut Penyelidikan Perikanan (menggunakan singkatan IPP) pada tahun 1957 dan merupakan salah satu daripada sepuluh bahagian di dalam Jabatan Perikanan Malaysia. Objektif utama penubuhan IPP adalah menjalankan penyelidikan dalam aspek sumber perikanan, akuakultur dan ekologi bagi menyokong Jabatan dalam pengurusan dan pembangunan sektor perikanan di Malaysia. En. D. Pathansali adalah Ketua Pegawai Penyelidik pertama yang dilantik untuk menerajui IPP.
IPP telah melalui beberapa perubahan struktur dalaman pada tahun-tahun seterusnya dengan penubuhan pusat-pusat di seluruh negara untuk menjalankan kajian dalam bidang-bidang perikanan utama sepert berikuti: